O pre-requisito é o notify-send, um utilitário de linha de comando do libnotify. No Ubuntu:
sudo aptitude install libnotify-bin
E aqui o script em si:
sleep 5m; notify-send "aviso" "tirar o miojo do fogo"
Pronto, depois de cinco minutos isso vai aparecer:
Valeu! Te mando uma dica para parar os terminais de 3 a 6, não é mais no /etc/event.d
sudo sed -i ‘/ACTIVE_CONSOLES/s/1-6/1-2/g’ /etc/default/console-setup